生物安全實驗室一級可自然通風，二級可采用帶循環風的空調系統，涉及有毒、有害等操作，采用全排風。三、四級實驗室防護區應采用全新風。?凈化空調系統應在新風口、風機正壓段和送風末端設三級空氣過濾。其中新風過濾視當地大氣塵污染情況可用粗效十中效過濾器或粗效十中效十高中效或亞高教過濾器。

三、四級實驗室必須設室內排風口，并在近風口處安裝國標B類（含）以上過濾器，同時應具備現場原位掃描檢漏和消毒的條件。四級實驗室應有兩道排風高效過濾器。?宜采用上送下排氣流組織，但飼養大動物的生物安全實驗室宜采用上進上排方式。?在排風過濾器與排風機之間應安裝氣密閥。

排風應先于送風開啟，后于送風關閉，送排風聯鎖。排風機應有備用。?保持生物安全實驗室的逐級的負壓差，是空氣凈化的最主要的任務，保證氣流由輔助區流向防護區。對動物生物安全實驗宣負壓的要求又高于普通生物安全實驗室，因為動物源性的污染源是最危險的污染源。一般來說，危險度最大的車間。